POP3 richt zich op vijf thema's:
 

• Versterken van innovatie, verduurzaming en concurrentiekracht;

• Jonge boeren;

• Natuur en landschap;

• Verbetering van waterkwaliteit;

• LEADER.

De focus van het programma is gericht op innovatie en duurzaamheid in het landelijk gebied.

De provincies besluiten elk afzonderlijk, de LEADER-regeling open te stellen voor een of meerdere plattelandsgebieden binnen hun provinciegrens. Drenthe, Utrecht, Groningen, Zuid-Holland en Overijssel hebben al een Openstellingsbesluit gepubliceerd.